Il Nuovo Ospedale Civile S. Agostino-Estense, situato in località Baggiovara, è stato inaugurato il 2 giugno 2005.
Il Nuovo Ospedale ospita il Dipartimento d'emergenza di 2° livello della provincia di Modena, è funzionalmente integrato con l'Azienda Ospedaliero-Universitaria Policlinico e le strutture formative della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università degli Studi di Modena e di Reggio Emilia e con gli altri Ospedali della provincia. Tutto l'edificio ospedaliero è completamente climatizzato. Le camere sono singole o doppie, con propri servizi. Le dotazioni tecnologiche, strutturali e funzionali presenti presso il Nuovo Ospedale Civile S. Agostino-Estense sono all'avanguardia in campo sanitario. Questo importante investimento è stato condiviso e attuato affinché gli effetti positivi in termini di tutela della salute possano diffondersi fino alle punte estreme della nostra provincia. Il Nuovo Ospedale è dotato di 454 posti letto, di cui 33 per Day Hospital e Day Surgery.

E' sede del Dipartimento d'Emergenza di secondo livello per la provincia di Modena, con l'Unità Operativa di Medicina d'urgenza, coordinato con il Trauma Center dell'Emilia centro-orientale. Sono presenti Unità Operative afferenti all'area medica (Medicine a indirizzo gastroenterologico, a indirizzo cardiovascolare, a indirizzo metabolico-nutrizionistico, Endocrinologia, Geriatria, Post Acuzie, Lungodegenza, Medicina Riabilitativa e Neurologia), all'area Chirurgica (Chirurgia Generale, Chirurgia Generale II, Chirurgia Vascolare, Ortopedia, Neurochirurgia, Day Surgery Polispecialistico) e all'area Critica (Cardiologia, Terapia Intensiva Coronarica, Neurorianimazione, Terapia Intensiva Post-Operatoria e Area Trauma).
Sono inoltre presenti Laboratorio analisi unificato provinciale ad alta automazione con Centro Prelievi, Diagnostica per Immagini, Neuroradiologia, Pronto Soccorso con area attrezzata per Elisoccorso, Endoscopia Digestiva, Comparto Operatorio centralizzato con otto sale operatorie e quattro sale di Day Surgery, Centrale di Sterilizzazione, Emodialisi, Poliambulatorio specialistico e Farmacia.