Per ogni ciascuna delle dieci aree prioritarie sono stati costituiti apposti Gruppi di Programma con il compito di definire gli obiettivi di salute generali da raggiungere e le azioni che dovranno essere sviluppate e realizzate dal PPS.

Per tutte le aree tematiche (Anziani, Incidenti stradali, Infortuni e sicurezza sul lavoro, Salute donna, Salute infanzia ed età evolutiva, Neoplasie, Cardiovascolare, Malattie respiratorie, AIDS, Patologie rare) i Gruppi di Programma hanno già definito gli obiettivi e le azioni per la salute che sono riassunte in un apposito documento pubblicato nel giugno 2002.